故事发生在2029年，彼时，X战警早已经解散，作为为数不多的仅存的变种人，金刚狼罗根（休·杰克曼HughJackman饰）和卡利班（斯戴芬·莫昌特StephenMerchant饰）照顾着年迈的X教授（帕特里克·斯图尔特PatrickStewart饰），由于衰老，X教授已经丧失了对于自己超能力的控制，如果不依赖药物，他的超能力就会失控，在全球范围内制造无法挽回的灾难。不仅如此，金刚狼的自愈能力亦随着时间的流逝逐渐减弱，体能和力量都早已经大不如从前。某日，一位陌生女子找到了金刚狼，将一个名为劳拉（达芙妮·基恩

具有特殊能力的一群变种人组成了一个维护世界的小组——X战警小队。成员包括能吸收对方能力的淘气、双眼能放致命射线的镭射眼（詹姆斯·麦斯登（JamesMarsden饰）、能随意控制气候的暴风女（哈莉•贝瑞HalleBerry饰）、具有隔空取物和心电感应能力的琴葛蕾（法米克•詹森FamkeJanssen饰）……不久，金刚狼（休•杰克曼HughJackman饰）也出现了。不过金钢狼脾气暴躁、独来独往，X战警小队想极力拉拢他加入队伍，无奈孤傲的金钢狼一时也没有答应。与此同时，能控制一切金属的万磁王此时也在极力拉拢金

第一集中，变异人在X教授的指挥下，将邪恶的万磁王打入冷宫，但是依然得不到社会的承认。在一次政治要人遭到暗杀后，所有的矛头又一次指向变异人。这一次，X教授也感到压力大增，以致于跟美国总统都要就此事进行磋商。一个拥有很高声誉的前将军，率领着反对变异人的联盟连续对x教授施压。万磁王在这种情况下，不得不寻找与X教授联手抵抗前将军的方式。金钢狼的身世也将在本集中进一步揭开。

琴（法米克·詹森FamkeJanssen饰）的死亡在X战警中造成了持续的影响，斯科特和金刚狼罗根（休•杰克曼HughJackman饰）恍然若失。学院的教学任务落在了风暴女（哈莉•贝瑞HalleBerry饰）和金刚狼等人的肩上，异种人在这里才能得到身份的认同。某公司从一名异种人儿童的基因中提取出了还原变异的X基因的“解药”，可以令异种人的身体与常人无异，解药的问世在异种人中引起了强烈反响，万磁王（伊安•麦克莱恩IanMcKellen饰）四处联系不愿改变体质的异种人，试图用暴力反抗人类社会的不公平待遇。金刚狼

昔日警局局长遭重磅爆料，竟与贩毒集团暗中勾结？明星警探麦克·劳瑞（威尔·史密斯 饰）和马库斯·伯纳特（马丁·劳伦斯 饰）惨遭背刺，一夜从吃瓜群众沦为全美通缉犯！“怨种兄弟”为查明真相被迫重出江湖，迎接全新刺激挑战！黄金搭档能否绝处求生，在毒贩与同僚的双面夹击下洗刷污名？

刑警刘鸿涛是个破案高手，同事们把他的名字颠倒过来，昵称“神探红桃六”，不料由此让刘鸿涛陷入麻烦。最近几个犯罪现场都发现了一张红桃六的扑克牌，为查明真相，刘鸿涛顺藤摸瓜，查到犯罪团伙联络人马燕。不料马燕却突然死亡，线索中断，刘鸿涛从此坠入层层迷案之中。经过努力，刘鸿涛查到杀害马燕的凶手，不料此人竟是自己过世战友妹妹的男朋友——李晓军。在刘洪涛的多方调查的证据面前，李晓军交代了一个代号“红桃六”的幕后黑手一直在暗中帮助自己隐藏犯罪事实。为抓住“红桃六”，刘鸿涛在上级领导的精心布置下，让李晓军做了线人。就在刘鸿

万磁王为了争取更多变种人的权利，他聚集了一批部下不断针对人类进行破坏。而X教授致力于人类与变种人之间和谐生存，他创办了X学院，收取变种人学生，教导他们知识，让他们能合理运用自己的能力。培养他们成为X战警，保卫人类与变种人。